Управление торговлей 10.3 . формируем отчете Валовая прибыль предприятия, в столбце Рентабельность выходят отрицательные суммы. Почему?

Чтобы правильно посчиталась рентабельность, нужно, чтобы правильно сформировалась себестоимость. Для этого запустите обработку Проведение по партиям (Документы – Дополнительно – Проведение по партиям). Если после этого отрицательная рентабельность осталась в отчете,  по кнопке Настройка добавьте группировку по номенклатуре. Найдите номенклатуру, по которой выходит отрицательная рентабельность, постройте отчет Ведомость по партиям товаров на складах с отбором по этой номенклатуре.
По кнопке Настройка поставьте группировку по Документу оприходования и по Документу движения – регистратору. Вы увидите, какими документами образовалась себестоимость товара. Откройте документ оприходования и документ реализации – возможно, цена реализации меньше закупочной. Либо есть документы Поступление доп. расходов, ГТД по импорту, которые увеличивают себестоимость, проверьте, чтобы эти документы были проведены раньше реализации.